Entre Shopify et PrestaShop, le débat fait rage depuis des années. Les uns jurent par la simplicité de Shopify, les autres par la puissance de PrestaShop.

Mais en tant qu'expert-comptable qui suit des dizaines d'e-commerçants, je vous le dis cash : le vrai critère de choix, c'est la comptabilité.

Pourquoi ? Parce qu'un e-commerçant qui passe 15 heures par mois à faire sa compta au lieu de vendre, c'est un e-commerçant qui perd de l'argent. Et parce qu'une erreur de TVA à 5 000 euros, ça arrive plus vite qu'on ne le croit.

Chez HR Associés, nous accompagnons des e-commerçants sur Shopify et sur PrestaShop. Nous voyons leurs galères comptables, leurs gains de temps, leurs erreurs évitées ou pas.

Voici le comparatif honnête et chiffré que personne ne vous fera : Shopify vs PrestaShop du point de vue comptable.

Le vrai coût d'une mauvaise gestion comptable e-commerce

Avant de comparer, parlons cash.

Un e-commerçant qui fait 200 000 € de CA annuel a en moyenne :

• 1 500 à 2 000 transactions par an
• 12 déclarations de TVA
• 50 à 100 factures fournisseurs
• Des remboursements, des avoirs, des frais marketplace

Sans automatisation :

• 15 à 20 heures de saisie comptable par mois
• 5 à 10% d'erreurs (TVA, comptes, oublis)
• 2 à 3 heures de correction par mois
• 1 redressement fiscal tous les 3 ans en moyenne (3 000 à 10 000 €)

Coût total annuel : 180 à 240 heures + 1 000 à 3 000 € d'erreurs

Valorisé à 40 €/heure, ça fait 7 200 à 9 600 € par an de temps perdu + erreurs.

Avec automatisation (Shopify + Pennylane par exemple) :

• 1 à 2 heures de vérification par mois
• <1% d'erreurs
• 0 heure de correction
• Redressement fiscal quasi impossible

Coût total annuel : 12 à 24 heures

Soit 480 à 960 € de temps passé.

Économie : 6 700 à 8 600 € par an.

Maintenant, comparons Shopify et PrestaShop sur ce critère.

Shopify : l'automatisation comptable poussée à l'extrême

L'intégration native avec les outils comptables français

Shopify s'intègre nativement avec :

• Pennylane (le plus utilisé)
• Indy
• Axonaut
• EBP
• QuickBooks

Concrètement, ça veut dire quoi ?

Vous installez l'application Pennylane sur Shopify (3 clics, 2 minutes).

À partir de ce moment :

• Chaque vente Shopify tombe automatiquement dans Pennylane
• L'écriture comptable est générée automatiquement (compte 707, 512, 44571)
• La TVA est calculée automatiquement (20%, 10%, 5,5%, intracommunautaire)
• Les frais Shopify sont comptabilisés automatiquement
• Les remboursements sont gérés automatiquement
• Les paiements sont rapprochés automatiquement

Exemple concret :

Vous vendez un produit à 120 € TTC (100 € HT + 20 € de TVA).

Shopify envoie à Pennylane :

• Débit 512 (Banque) : 118,20 € (120 - 1,8 € de frais Shopify)
• Crédit 707 (Ventes) : 100 €
• Crédit 44571 (TVA collectée) : 20 €
• Débit 6226 (Frais bancaires) : 1,50 €
• Débit 44566 (TVA sur frais) : 0,30 €

Temps passé par vous : 0 seconde.

Temps passé par votre expert-comptable : 0 seconde (il valide juste en fin de mois).

La gestion automatique de la TVA

Shopify gère nativement :

• TVA française (20%, 10%, 5,5% selon produits)
• TVA intracommunautaire (ventes UE avec n° TVA)
• TVA export (hors UE)
• Franchise de TVA

Vous configurez une fois vos taux, et Shopify applique le bon taux automatiquement.

Exemple :

Un client allemand avec n° de TVA intracommunautaire achète pour 500 €.

Shopify :

• Vérifie la validité du n° de TVA (API VIES)
• Applique 0% de TVA (autoliquidation)
• Enregistre "Vente intracommunautaire" dans les métadonnées

Pennylane :

• Récupère la vente avec la mention "UE B2B"
• Génère l'écriture avec le compte 707100 (ventes UE)
• Prépare la DEB (Déclaration d'Échanges de Biens)

Temps passé : 0 seconde.

Sans automatisation, vous auriez passé 10 minutes à :

• Vérifier le n° de TVA
• Calculer la TVA correcte
• Saisir l'écriture
• Préparer la DEB

Sur 50 ventes UE par mois, ça fait 8 heures gagnées.

Les rapports financiers instantanés

Shopify Analytics vous donne en temps réel :

• CA par jour/semaine/mois
• CA par produit
• CA par canal (site, Instagram, Facebook, Amazon)
• Panier moyen
• Taux de conversion
• Retours et remboursements

Pennylane connecté à Shopify vous donne :

• CA comptable (HT)
• TVA collectée
• Marge brute (si vous saisissez vos achats)
• Trésorerie
• Résultat prévisionnel

Vous savez en 30 secondes si votre mois est bon ou pas.

Sans ça, vous attendez le 10 du mois suivant que votre comptable vous envoie le bilan. Et souvent, c'est trop tard pour corriger.

Le coût réel de Shopify + automatisation compta

Shopify Basic : 29 €/mois
Pennylane Starter : 29 €/mois
Total : 58 €/mois = 696 € par an

Mais :

• Vous économisez 6 700 à 8 600 € de temps comptable
• Vous évitez 1 000 à 3 000 € d'erreurs par an

ROI net : 7 000 à 11 000 € par an.

Pour 696 € investis.

Retour sur investissement : 1 006% à 1 580%.

PrestaShop : la puissance, mais la complexité comptable

L'intégration comptable : possible mais technique

PrestaShop peut s'intégrer avec :

• Sage (via modules)
• Cegid (via modules)
• EBP (via modules)
• Pennylane (via développement custom)

Le problème : ce sont des modules tiers, pas natifs.

Concrètement, ça veut dire :

1. Vous cherchez le module (marketplace PrestaShop)
2. Vous l'achetez (50 à 300 €)
3. Vous l'installez (pas toujours simple)
4. Vous le configurez (1 à 3 heures)
5. Vous testez (ça marche... ou pas)
6. Vous mettez à jour PrestaShop → le module casse
7. Vous contactez le développeur du module
8. Vous attendez la mise à jour (1 semaine à 1 mois)

Exemple vécu :

Un client sur PrestaShop avec un module Sage.

Il met à jour PrestaShop 1.7.8 → 1.8.0.

Le module ne fonctionne plus. Les ventes ne tombent plus dans Sage.

Il contacte le développeur : "On travaille dessus, ça sera prêt dans 3 semaines."

Pendant 3 semaines, il fait sa compta à la main. 15 heures de boulot.

Coût : 600 € de temps + stress + retard sur les déclarations.

Avec Shopify natif, ça n'arrive jamais.

La gestion de la TVA : manuelle ou semi-automatique

PrestaShop gère la TVA, mais :

• Vous devez configurer manuellement chaque taux par pays
• La vérification des n° de TVA intracommunautaire nécessite un module
• Les exports comptables ne distinguent pas toujours clairement TVA normale / UE / export
• Vous devez souvent retraiter manuellement

Exemple :

Un client français achète un livre (TVA 5,5%).

PrestaShop applique bien 5,5%.

Mais dans l'export comptable, c'est marqué "Ventes" sans distinction.

Votre expert-comptable doit :

1. Ouvrir le fichier
2. Filtrer les ventes à 5,5%
3. Les séparer manuellement dans un compte différent (707050)
4. Recalculer la TVA

Temps passé : 30 minutes par mois.

Soit 6 heures par an rien que pour ça.

Les rapports financiers : basiques

PrestaShop vous donne :

• CA brut
• Nombre de commandes
• Panier moyen

C'est tout.

Pour avoir :

• CA HT
• TVA collectée
• Marge
• Résultat

Vous devez :

1. Exporter les données
2. Ouvrir Excel
3. Faire les calculs manuellement
4. Ou attendre le bilan de votre comptable

Temps passé : 2 heures par mois.

Le coût réel de PrestaShop + compta

PrestaShop : Gratuit
Hébergement : 50 €/mois
Modules comptables : 200 € une fois
Maintenance : 100 €/mois (ou votre temps)

Total : 150 €/mois = 1 800 € par an (hors temps de maintenance)

Mais :

• Vous passez 10 à 15 heures par mois sur la compta (manuelle ou semi-auto)
• Vous faites 5% d'erreurs en moyenne
• Vous payez votre expert-comptable 50 à 100 € de plus par mois pour corriger

Coût réel : 1 800 € + 4 800 € (temps) + 600 € (compta sup') + 1 000 € (erreurs) = 8 200 € par an.

Contre 696 € pour Shopify + Pennylane.

Différence : 7 504 € par an.

Le comparatif chiffré : Shopify vs PrestaShop côté compta

Shopify est 7 fois moins cher que PrestaShop d'un point de vue comptable.

Les cas où PrestaShop reste pertinent

Soyons honnêtes : PrestaShop n'est pas nul. Il a des avantages.

Cas n°1 : Vous avez un développeur en interne

Si vous avez une équipe technique qui peut :

• Développer des intégrations custom
• Maintenir les modules
• Corriger les bugs

Alors PrestaShop devient intéressant. Vous pouvez créer des connexions comptables sur-mesure, adaptées à vos processus spécifiques.

Mais ça coûte : 1 développeur à mi-temps = 25 000 € par an.

Cas n°2 : Vous avez des besoins comptables très spécifiques

Exemple : vous êtes grossiste avec des règles comptables complexes (comptes clients multiples, factures pro forma, escomptes, remises différées).

PrestaShop peut être adapté précisément à vos besoins.

Shopify sera trop rigide.

Mais attention : ça demande du développement. Budget : 5 000 à 15 000 €.

Cas n°3 : Vous êtes allergique aux abonnements

PrestaShop est gratuit (hors hébergement et modules).

Si vous refusez de payer 79 €/mois pour Shopify par principe, PrestaShop est une option.

Mais : vous payez en temps. 10 heures par mois de compta = 400 € valorisé. Soit 4 800 € par an.

C'est 5 fois plus cher que Shopify.

Le verdict de l'expert-comptable

Chez HR Associés, nous suivons 40+ e-commerçants.

Répartition :

• 32 sur Shopify
• 6 sur PrestaShop
• 2 sur WooCommerce

Temps moyen passé par l'expert-comptable par mois :

• Shopify : 30 minutes (vérification)
• PrestaShop : 2 heures (retraitement + vérification)
• WooCommerce : 2h30 (export + retraitement + vérification)

Taux d'erreurs comptables détectées :

• Shopify : 2% des écritures
• PrestaShop : 12% des écritures
• WooCommerce : 15% des écritures

Satisfaction client (sondage interne 2024) :

• Shopify : 9,2/10
• PrestaShop : 6,8/10
• WooCommerce : 6,5/10

Les raisons de l'insatisfaction PrestaShop/WooCommerce :

1. "Je passe trop de temps sur la compta"
2. "Je ne comprends pas mes chiffres"
3. "Mon comptable me facture plus cher"
4. "J'ai peur de faire des erreurs de TVA"

Notre recommandation officielle :

Pour 85% des e-commerçants, Shopify + Pennylane est le meilleur choix d'un point de vue comptable.

Simplicité, fiabilité, automatisation, temps gagné, erreurs évitées.

Les 15% restants (PrestaShop) :

• Ont une équipe technique en interne
• Ont des besoins comptables très spécifiques
• Ont un budget développement conséquent
• Sont prêts à passer du temps sur la technique

Les questions fréquentes

"Mais PrestaShop est gratuit, non ?"

Oui, le logiciel est gratuit.

Mais :

• Hébergement : 600 €/an
• Modules : 500 à 3 000 € une fois
• Développement : 2 000 à 10 000 € selon besoins
• Maintenance : 1 200 €/an (ou votre temps)
• Compta : 4 800 €/an de temps perdu

Total : 9 100 à 19 600 € la première année.

Shopify + Pennylane : 1 176 € par an.

PrestaShop "gratuit" coûte 8 à 17 fois plus cher que Shopify.

"Mon comptable travaille avec PrestaShop, je dois rester ?"

Non.

Un expert-comptable qui vous dit "restez sur PrestaShop parce que je connais", c'est un expert-comptable qui ne pense pas à votre intérêt.

Tous les experts-comptables modernes savent travailler avec Shopify + Pennylane.

Si le vôtre refuse, changez d'expert-comptable.

Chez HR Associés, on préfère 10 fois nos clients sur Shopify. On passe moins de temps, on fait moins d'erreurs, le client est content.

"J'ai déjà PrestaShop avec 5 000 produits, je ne vais pas tout migrer ?"

Si, vous devriez.

Coût d'une migration PrestaShop → Shopify :

• Prestation technique : 2 000 à 5 000 €
• Temps d'adaptation : 1 semaine

Gain annuel : 7 000 € par an (temps + erreurs évitées).

ROI : 3 à 6 mois.

Après 6 mois, vous êtes gagnant. Et vous le serez pendant 10 ans.

"Shopify prend des commissions, c'est cher"

Shopify prend 2% de commission SI vous n'utilisez pas Shopify Payments.

Avec Shopify Payments (inclus) : 0% de commission.

Vous payez juste les frais de carte bancaire (1,5-2%, comme partout).

PrestaShop : 0% de commission.

Mais vous payez :

• Les frais CB (1,5-2%)
• Les modules de paiement (50-200 €)
• Les frais de passerelle (Stripe, PayPal)

Au final, c'est pareil.

Conclusion : l'automatisation comptable ne se négocie pas

En 2025, un e-commerçant qui passe 10 heures par mois à faire sa compta manuellement est un e-commerçant qui perd de l'argent.

Le temps, c'est de l'argent. Les erreurs comptables, c'est de l'argent perdu.

Shopify + Pennylane, c'est :

• 1 à 2 heures de compta par mois (au lieu de 15)
• <1% d'erreurs (au lieu de 10%)
• 7 000 € économisés par an
• 0 stress sur les déclarations de TVA
• Une vision en temps réel de votre rentabilité

PrestaShop, c'est :

• 10 à 15 heures de compta par mois
• 10% d'erreurs en moyenne
• 8 200 € de coûts annuels (outils + temps)
• Du stress sur chaque déclaration
• Un bilan comptable qui arrive 15 jours après la fin du mois

Notre verdict chez HR Associés :

Si la comptabilité est un critère important pour vous (et elle devrait l'être), choisissez Shopify.

Vous gagnerez du temps, vous éviterez des erreurs, vous dormirez mieux.

Et vous passerez votre temps à vendre, pas à faire de la compta.

Vous êtes sur PrestaShop et vous galérez avec la compta ?

Chez HR Associés, nous accompagnons les e-commerçants dans leur migration vers Shopify + Pennylane. Audit de votre situation actuelle, calcul du ROI, accompagnement migration, formation.

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